新潮必备！IGV全面升级，手把手教你轻松安装与实战应用技巧

　　Integrative Genomics Viewer(IGV)是一种高性能、易于使用的交互式工具，用于对基因组数据进行可视化探索。它支持所有常见类型的基因组数据和元数据的灵活集成。

　　IGV支持二代测序，芯片测序数据和基因组数据等各种大型数据集的可视化；可用于展示和查看基因表达差异、突变、融合、甲基化、探针等多种信息。

　　01如何下载安装

　　官网下载地址：

　　https://igv.org/doc/desktop/#DownloadPage/

　　根据自己的电脑选择对应的MacOS/Windows/Linux版本进行安装，推荐直接安装Java included的版本；非Java included版本需要配置对应的Java。

　　下载到指定位置后双击IGV_Win_2.17.2-WithJava-installer.exe，按照提示安装就可以啦。刚下载好的IGV打开如下图：

　　02数据导航

　　1、加载基因组

　　根据自己的样本物种信息，选择对应的基因组，如果是人的话，可以选择Human(GRCh38/hg38)或者Human(hg19)(最新)；如果是其他物种的话，可以点击Click for more选择对应的物种和基因组版本。

　　选择好对应的参考基因组后，加载需要一会儿时间，所以需要耐心等待一会儿哦。加载好基因组后，页面会显示对应的基因组版本信息，染色体信息，和基因密度条形图。

　　2、CHip-seq数据查看

　　然后我们可以加载我们的样本数据，可以从Load from file......加载电脑本地文件；（此次演示使用了官方示例文件）

　　加载好数据后，会在工作区显示每个样本的代表组蛋白修饰信号强度的条形图。可以通过下拉列表选择其中一个染色体单独来看，或双击基因组标尺上的染色体号来看其中某个个染色体，all代表所有的染色体，即全基因组水平。

　　当一直放大，可以看到具体某个基因的情况，如果有目标基因，我们也可以在搜索区输入基因的名字来搜索。也可以通过右上角的“-”号和“+”号来缩小和放大可视范围。如果想看可视区旁边的区域，也可以左右拖动工作区来实现。

　　如果想看该基因的剪接变体，可右键点击该基因，然后选择Expanded。如果不想看剪接变体，选择Collapsed。如下图，我们可以看到基因METTL13有3个可变剪切体。；并且5’端UTR和第一个外显子的剪接方式不同。

　　当我们继续放大，我们将看到参考的核苷酸，点击任意核苷酸，可看到其对应的氨基酸。

　　3、bam数据查看

　　当加载bam文件时，和bam相同路径下要有对应的bam索引文件，格式为.bam.bai。由于bam数据交大，加载需要一定的时间。刚加载好数据后，我们在工作区看不到任何reads，这是因为IGV在较大的缩放级别上隐藏了reads，以节省内存。

　　当我们不断放大,就可以聚焦reads了。放大后我们可以在工作区看到有很多灰色和白色的条形，每个条形代表一个reads，每个reads都与参考基因组上特定的位置对齐。

　　白色的reads是比对质量为0的reads，灰色的reads为比对质量非0的reads。reads的上方有一条Coverage轨道。轨道中对应的条形图是对其位置上的reads数的统计。当我们在工作区看不到全部的reads时，可以鼠标上下滚动工作区来看。

　　从下图，我们可以有一列绿色的A比较突出，是因为该位置的参考碱基是鸟嘌呤，而有大一部分reads上该位置是腺嘌呤；在上面的条形图也是由绿色和橙色突出。点击条形图，我们可以看到该位置上腺嘌呤和鸟嘌呤的占比。

　　另外我们可以看到有些碱基的颜色比较深，有些碱基的颜色比较浅，如下图的T和G，分别点击T和G我们可以看到，颜色深的T碱基质量为18，颜色浅的G碱基质量为10，颜色越深代表碱基质量越高，越不可能是错配碱基。

　　紫色的Ⅰ代表插入，点击Ⅰ会显示插入的碱基。碱基的缺失，会用“—”表示。

　　以上我们展示了一些基础的使用方法。